El maig de 1923 una moció a l'ajuntament de Girona ja aprova la creació d'un Conservatori de música. Un any més tard, el mestre Francesc Civil arriba a la ciutat i dóna una empenta per conscienciar la societat gironina de la importància d'un ensenyament de la música reglat a través de diversos articles al "Diari de Girona"publicats els anys 30. D'altres intel·lectuals de l'època com Josep Maria Dalmau o Cassià Costal, entre d'altres, s'afegeixen a aquesta iniciativa signant articles en diverses publicacions de l'època.
Acabada la guerra, el 1939, el mestre Civil no rep el suport necessari perquè hi ha altres qüestions prioritàries per resoldre. Troba el recolzament en l'Obra Sindical d'Educació i Descans, que en aquells moments està creant l'Orquestra Filharmònica.
Així, el 1942 neix l'Escola de Música d'Educació i Descans, ubicada al Carrer Barcelona de Girona. Figura com a director el seu principal impulsor, Francesc Civil, amb la col·laboració dels mestres Ramon Arnau i Josep Saló.
Ja des del primer curs des de l'Escola es crea una vinculació acadèmica amb el Conservatori del Liceu que consisteix en seguir el seu pla d'estudis i examinar els alumnes amb caràcter oficial.
L'any 1944 l'Escola es trasllada al Centre Cultural del Carrer de la Força i després al Carrer Escola Pia.
és el 1958 quan es bateja el nou Conservatori amb el nom del pianista gironí Isaac Albéniz.
El 1966 es publica un nou reglament general dels Conservatoris de música que supleix el creat l'any 1942. Aquesta nova normativa suposa un nou enfocament acadèmic i d'organització del Conservatori.
Amb l'inici de la democràcia, el 1979 el Conservatori passa a ser tutelat per un Patronat format per la Diputació, l'Ajuntament i Caixa de Girona,que anys més tard esdevindria un Consorci. A principis dels anys 80 el Conservatori experimenta un notable increment d'alumnat que comporta obrir delegacions a Salt, Sarrià de Ter i al Col·legi La Salle de Girona. Això comporta que el 1983 la Generalitat reconegui el centre com a Conservatori oficial de Grau Professional.
Un gran increment d'alumnes comporta que el 22 d'abril de 1995 s'inauguri un nou emplaçament a la Casa Ensesa on s'impartiran classes a més de les que es fan a l'edifici de la Cort Reial.
Aquests dos emplaçaments ja marcaran l'ensenyament de dos nivells de música. I és que amb l'entrada en vigor de la LOGSE, la Generalitat contempla els estudis musicals en dos nivells impartits d'una banda per les escoles de música i de l'altra pels conservatoris professionals.
és així com a partir de l'any 1997 la Diputació assumeix la tutela del Conservatori, ubicat al carrer de la Cort Reial i l'Ajuntament la de l'Escola Municipal de Música, situada a la Casa Ensesa. Aquest fet comporta que el 1998 la Diputació creï l'Organisme Autònom Conservatori Isaac Albéniz de la Diputació de Girona , que des del 1999 està ubicat a la Casa de Cultura .
L'any 2006 entren en vigor els nous Estatuts de l'Organisme Autònom. Des d'aleshores n'és el director Carles Lama i Niebla. El nou organisme impulsa, entre d'altres, l'Orquestra del Conservatori ,els intercanvis, les classes magistrals o la banda. També s'estableixen noves activitats i canvis en l'organització administrativa i acadèmica. Es crea la Temporada de Concerts, a càrrec de professors i alumnes del Conservatori, l'Escola de Cobla, l'Aula de Música Antiga, l'Aula Oberta, el programa de televisió Pizzicato, els concerts Familiars o el Curs de Postgrau amb la Universitat de Girona, el Giraconcert, l'Orquestrada de les comarques Gironines i el Cerverí de Girona. El cursos 2012-13, 2013-14 hi ha una continuïtat de les mateixes activitats i es segueix amb el programa de TV Girona "Ad Libitum" i s'hi incorpora la Setmana Cultural.