La Basílica ja tenia orgue el segle XV. La primera notícia és del 1497. Per tant, podem suposar que, anteriorment, s’havia plantat el primer orgue de l’església en una data que ens defuig, però que potser caldria situar a la primera meitat d’aquell segle. En efecte, la construcció de l’església durà uns cent anys (1342 – ca. 1450). El segon orgue de la Basílica és del segle XVII (1632) i, posteriorment, l’any 1793 fou construït un tercer orgue, obra de Josep Pujol.
Els tres primers orgues estaven situats a l’altar de Sant Frederic.
Aquest instrument és el darrer esglaó d’una llarguíssima tradició d’orgues a la Basílica dels màrtirs Just i Pastor, que arrenca de 1495, a l’entorn del qual va produir-se una gran activitat cultural, musical i litúrgica. Gràcies a un estudi històric obra d’en Rafel Alcalà, podem conèixer en bona part aquest periple, i especialment els orígens de l’instrument actual.
L’orgue actual, el quart, fou construït per Miquel Beltran entre els anys 1906 i 1907 a partir de bona part de material preexistent, concretament els tubs. És, per tant, un instrument centenari, que va quedar intacte l’any 1936. Un examen d’aquests tubs ens confirma aquesta dada ja que la seva fesomia es correspon a un estil de construcció anterior al segle XX.
Aquest instrument representa una simbiosi. D’una banda, hi ha l’orgue major que es correspon a l’estil preexistent, el qual, en l’època de la reconstrucció de l’orgue, ja havia entrat en franca decadència. En efecte, l’orgue clàssic, que generalment és de transmissió mecànica, posseeix una estructura fònica distribuïda en les famílies de registres típiques de l’orgue barroc (flautes, mixtures, mutacions i llengüeteria reial).
En canvi, el segon teclat, l’expressiu, és de caire romàntic, un estil més a la moda en l’època de què estem parlant: es tracta d’un cos dins d’una caixa expressiva, format per jocs d’estil mordent (Gamba-Celeste) més una llengüeteria de caire més simfònic (fagot, oboè, veu Humana…).
Per tant, aquest instrument és un híbrid entre l’escola «barroca», en decadència, i l’escola romàntica emergent, segons els gustos musicals de l’època.
La raó més versemblant és l’aprofitament dels tubs dels instruments anteriors (d’estil barroc o clàssic) per fer el cos major, mentre que el cos expressiu és de nova planta. Aquest creuament dóna lloc a solucions ben peculiars, com la doble caixa expressiva de què disposa l’instrument: a part de la caixa del cos expressiu, unes gelosies donen expressió al conjunt de l’instrument. Aquest és un efecte molt valorat en una època on tant la literatura en voga com la funció d’acompanyament es fonamentaven en aquest recurs expressiu.
Per tant, es pot concloure que l’orgue de la Basílica dels sants Just i Pastor és un instrument peculiar i únic per la seva configuració i que l’estat i qualitat dels seus elements interns (salmers, tubs, alimentació d’aire, etc.) justifica una restauració fidel a l’instrument (reconstruït), original d’en Miquel Beltran. Aquesta restauració és obra de l’orguener Joan Carles Castro.
